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La coagulación es una de las etapas claves del proceso y la base de la conversión de la leche en queso. Distinguimos dos tipos de coagulación: la ácida o láctica (que se emplea por ejemplo para la elaboración de requesón) y la enzimática ( la que se emplea para elaborar queso).

La coagulación  láctica se utiliza en la fabricación de quesos de pasta blanda y leche crudaEs la forma de fermentación  más antigua,  se lleva a cabo de forma natural por medio de las bacterias lácticas que viven en la leche. Este tipo de bacterias actúan sobre la lactosa (el azúcar de la leche) y la degradan a ácido láctico. Este ácido láctico es el que le da un sabor amargo a productos como el queso o el yogurt.

La coagulación enzimática, por el contrario, se produce cuando se añade cuajo a la leche. El cuajo es una enzima  que actúa desestabilizando a la caseína, lo que da lugar a la formación de un “gel” o coágulo que engloba al suero y a los glóbulos grasos en su interior.  Durante siglos se ha utilizado cuajo animal (la enzima renina extraída del cuarto estómago de los rumiantes lactantes). Las dificultades para el abastecimiento de cuajo han favorecido el desarrollo de otros coagulantes, tanto de origen animal (pepsinas, bovina y porcina), como de origen microbiano (proteasas fúngicas,etc.) o vegetal ( flores de Cynara cardunculus etc.).